牲畜、家禽的粪尿污水是农业污水的第二个来源。饲养场污水可作为厩肥。作为厩肥使用，大都采用面施的方法，如果厩肥中大量可溶性碳、氮、磷化合物还未与土壤充分发生作用前就出现径流，也会造成比化肥更严重的污染。对于厩肥还没有完善的检测方法确定其营养元素的释放速度，以推算合理的用量和时间。因而，这类的径流污染是难以避免的。

饲养场牲畜粪尿的排泄量大，用未充分消毒灭菌的粪尿水浇灌菜地和农田，会造成土壤污染；粪尿被雨水流冲到河溪塘沟，会造成饮用水源污染。在饲养场临近河岸和冬季土地冻结的情况下，这种污水对周围水生、陆生生态系统的影响更大。